Новороссийская губерния образована Павлом I на территории бывших Екатеринославского наместничества, Вознесенского наместничества и Таврической области. Центр этой губернии располагался в Екатеринославе, носившем с 1797 по 1802 годы название Новороссийск.
В 1802 году на основе Елисаветградского, Ольвиопольского, Херсонского и Тираспольского уездов была создана Николаевская губерния; на основе Бахмутского, Екатеринославского, Верхнеднепровского, Новомосковского, Ростовского, Павлоградского, Александровского и Славяносербского уездов — Екатеринославская губерния; и на основе Днепровского, Евпаторийского, Перекопского, Симферопольского, Тмутараканского и Феодосийского уездов — Таврическая губерния.